На основании своих исследований в 2012 году Себастьян защитил диссертацию в Берлине. С ним делал интервью Первый канал российского телевидения, его принимал брянский губернатор, статью о нем напечатал журнал «Огонек». Однако в прошлом году все изменилось. В Интернете начали появляться статьи, в которых Штоппера называли «историком, играющим в игры на пепле и костях» и «бюрократом на крови», а затем суд в Брянске решил, что в записях в своем блоге Штоппер оправдывает действия немецких оккупантов и принижает значимость партизанских военных операций на Брянщине.
— Из немецких и советских документов я узнал очень много подробностей о брянских партизанах. На мой взгляд, советские историки игнорировали компрометирующие факты, поэтому теперь важно написать и об этом. Кроме того, цифры доказывают, что сопротивление партизан и ущерб, нанесенный ими немецкой армии, были гораздо меньше, чем утверждалось до сих пор. Думаю, это самый главный вывод диссертации, — сообщил Штоппер. — Советские историки всегда говорили, что тогда шла всенародная борьба против оккупантов, но такого я не нашел в документах. Именно на Брянщине мы знаем пример Каминского и так называемой Локотской республики, уже из этого вытекает, что всенародной борьбы не существовало.
Немецкий историк нашел доказательства того, что партизаны приписали себе убийство генерала Борнеманна, который на самом деле умер в 1979 году в Вене. Некий партизанский отряд утверждал, что умертвил этого генерала, но на самом деле на него напали, убили несколько немецких солдат, а сам генерал уцелел.
Согласно заключению брянского суда, деятельность Штоппера «может способствовать формированию у читателей негативной установки по отношению к социальным идеалам и духовным ценностям, таким как героизм предков, уважительное отношение к ветеранам партизанского движения и их воинским заслугам и т. д., истории Великой Отечественной войны в целом и партизанского движения на Брянщине в частности, негативно влиять на общественное и индивидуальное сознание, мировоззрение, на процесс формирования социокультурной идентичности у молодежи и на ее содержание у более старшего поколения».
Советский районный суд Брянска 5 ноября 2013 года признал, что заметки Штоппера имеют экстремистскую направленность. В апреле 2014 года они были включены в федеральный список экстремистских материалов.
— Естественно, есть в России несколько человек, которым не нравятся результаты моей работы, — говорит Штоппер. — Когда я нахожу исчезнувший дневник, они аплодируют, но если то же исследование дает результаты, которые не совпадают с прежними представлениями, тогда эти люди сердятся. Они не работают по-научному, они знают, что актуальная политическая линия России поддерживает это поведение, консервацию устаревшей картины истории. Не понимаю только, почему прицепились ко мне, когда я в России фактически еще ничего не издал. На рынке есть много книг по этой тематике. Например, в книге Александра Гогуна «Сталинские коммандос» гораздо больше документов, дискредитирующих советских партизан. У меня еще, в принципе, ничего не вышло. То, что они сейчас нападают на меня, — удивительно.
Правозащитный центр «СОВА» исследовал заметки Штоппера и пришел к таким выводам: «Признаков оправдания агрессивных, насильственных действий немецких войск в текстах найти не удалось. Не увидели мы и принижения значимости партизанских военных операций на Брянщине и негативной оценки их действий. Заметим также, что решением суда экстремистскими признаны не только записи в «Живом журнале» Штоппера, но и немногочисленные комментарии к ним — вполне невинного содержания. Мы считаем этот запрет неправомерным. В данном случае, как представляется, Брянский районный суд признал экстремизмом историческую дискуссию и запретил распространение точки зрения, несколько даже не радикально отличной от представлений судьи».
